Le territoire de la MRC de La Côte-de-Beaupré occupe une très grande superficie, soit 4 974,01 kilomètres carrés. Le milieu habité s'étend sur une distance de 55 kilomètres, depuis la rivière Montmorency à l'ouest, jusqu'au cap Tourmente et la municipalité de Saint-Tite-des-Caps à l'est. Cette étroite bande de terre est délimitée par les Laurentides au nord et le fleuve Saint-Laurent au sud (voir carte). Le territoire est constitué de neuf (9) municipalités d'ouest en est : Boischatel; L'Ange-Gardien; Château-Richer; Sainte-Anne-de-Beaupré; Beaupré; Saint-Louis-de-Gonzague-du-Cap-Tourmente; Saint-Joachim; Saint-Ferréol-les-Neiges; Saint-Tite-des-Caps.

Il compte également deux territoires non organisés : Lac-Jacques-Cartier et Sault au Cochon. Le territoire de Lac-Jacques-Cartier est le plus important avec une superficie totale de 4 266,84 km2 composé entièrement d'espaces naturels à vocation récréo-forestière ou de conservation, il regroupe une partie de la Réserve faunique des Laurentides, le Parc national de La Jacques-Cartier, la Forêt expérimentale Montmorency de l'Université Laval et les Terres du Séminaire. Le second territoire, Sault-au-Cochon, d'une superficie de 67,99 km2 est, à l'instar du premier, composé d'espaces à vocation récréo-forestières ou de conservation. Il longe le fleuve de la Réserve nationale de faune du Cap Tourmente jusqu'à Charlevoix, au sud de Saint-Tite-des-Caps.